یکی از کارهای مهم امام موسی صدر در تابستان سال1345 و پس از اجتماعات بزرگ و چندروزه شیعیان لبنان انجام شد. او رسما از حکومت وقت درخواست کرد که مانند سایر طوایف آن کشور، مجلسی برای ساماندهی طایفه شیعه و پیگیری مسائل آنها تأسیس شود که همینطور هم شد. سرانجام مجلس اعلای شیعیان لبنان بعد از سه سال با جمیع آرا تشکیل و امام موسی صدر بهعنوان رئیس این مجلس انتخاب شد. او آنچنان محبوبیت فوقالعادهای بین مردم لبنان داشت که جنبش محرومان لبنان را در اوایل سال1353 بهرهبری خودش تأسیس کرد و البته این اتمامحجتی نیز در مقابل دولت وقت بود. هدف از حذف فیزیکی امام موسی صدر، بیاثرکردن نقش او بود، ولی قذافی فقط توانست جسم امام و همراهانش را به بند بکشد، اما نگرش امام موسی صدر همچنان حکمفرماست و مسیر برآوردهکردن مطالبات محرومان و رنجدیدگان مسیری بیپایان است، همچنانکه اندیشه تشکیل مقاومت و نقشآفرینی آن در رویارویی با دشمنان کارساز بود. او همانطور که ساواک در اسنادش گفته است، از محبوبیتی عجیب برخوردار بود: «صدر در بیروت از قدرتی فوقالعاده برخوردار است که مافوق قدرت رئیسجمهور لبنان است... همه مغازههای بیروت، عکس بزرگی از موسی صدر چسباندهاند...»